1999/2000 mövsümündə isə "Xəzər Universiteti" Azərbaycan çempionatının güclülər dəstəsində oynamağa başlamışdır. Yüksək liqada debütü 11-ci yerlə nəticələnən komanda 2000/01 mövsümündə 7-ci, 2001/02 mövsümündə isə 3-cü yeri tutmuşdur. 2002/03 mövsümünün ölkə birinciliyi keçirilməmişdir. 2003/04 mövsümündə "Xəzər Universiteti" uğurla çıxış etmiş və Azərbaycan çempionatını 4-cü pillədə başa vurmuşdur. Bu nəticə "Xəzər Universiteti"nə UEFA-İntertoto kubokunda iştirak etmək hüququ qazandırdı. Yarışın birinci mərhələsində "Xəzər Universiteti" Avstriyanın "Bregents" komandasını sıradan çıxardı: 3:0 (+:- ) və 2:1. İkinci mərhələdə isə "Xəzər Universiteti"nin rəqibi Finlandiyanın "Tampere Yunayted" komandası oldu. Komandamız ilk görüşdə 0:3 hesabı ilə uduzsa da, Bakıda keçirilən təkrar qarşılaşmada 1:0 qalib gələrək, UEFA-İntertoto Kubokunda iştirakını dayandırdı.
Beləliklə, Azərbaycan klublarının avrokubok tarixində "Xəzər Universiteti" ilk dəfə olaraq, bir avrokubok mövsümndə 3 qələbə qazandı2004-cü ilin yayından "Xəzər Universiteti" komandasının bütün hüquqları yeni yaradılmış "İnter-Bakı" Peşəkar Futbol Klubuna keçmiş və komanda 13-cü Azərbaycan çempionatına da "İnter-Bakı" adı ilə başlamışdır.
Bir müddət sonra isə klubda struktur dəyişikliyi edilmiş və "İnter-Bakı" Peşəkar Futbol Klubu "İnter" Peşəkar İdman Klubuna çevrilmişdir. Beləliklə, futbol komandasının adı 13-cü çempionatın ortalarından rəsmi şəkildə "İnter" kimi təsdiq olunub.
13-cü çempionatda "İnter" gözəl oyunu ilə fərqlənsə də,yekun cədvəlində 7-ci pillə ilə kifayətlənib.
14 – cü Milli cempionatımızda isə “İnter” medallara layiq yer tutmağa çox yaxın olsa da, komanda yekun cədvəlində 4 – cü yerdən yuxarı qalxa bilməmişdir. Gənc komanda olmasına baxmayaraq, 2007-2008-ci il mövsümündə ölkə çempionu olub. Növbəti çempionatdasa 2-ci yeri tutub.
2009-2010-cu il mövsümünü çempion kimi başa vurub. Növbəti mövsümdə "İnter" UEFA Çempionlar Liqasında mübarizə aparsa da, mərhələ adlaya bilmədi. Polşanın "Lex" klubu oyunsonrası onbirmetrlik cərimə zərbələrini daha dəqiq yerinə yetirərək növbəti raunda vəsiqə qazanıb. 2010-11 mövsümündə komandamız çempionatı 5-ci yerdə başa vurdu.
Növbəti çempionatda isə "İnter" daha uğurlu çıxış edərək, bürünc medallara sahib çıxıb. 3-cü yer tutan komandamız UEFA Avropa Liqasında mübarizə aparmaq imkanı qazanıb və ilk rəqibinə asanlığla qalib gəlib. Belə ki, Estoniyanın "Trans" klubuyla üz-üzə gələn komandamız hər iki görüşdə rəqibindən üstün olub(5:0, 2:0).
Amma ikinci təsnifat mərhələsində "İnter" Yunanıstanın "Asteras" klubuna yenidən oyunsonrası onbirmetrlik cərimə zərbələrində yenilərək, qitəmiqyaslı turnirdəki çıxışını başa vurub.
28 oktyabr 2017-ci ildən klub "Keşlə" Futbol Klubu adı ilə fəaliyyətini davam etdirir. 2018-ci ildə klub Azərbaycan Klubunun qalibi olub. 2019-2020-ci illər mövsümünün sonunda "Keşlə" Azərbaycan Premyer Liqasının bürünc medallarına sahib çıxıb və Avropa Liqasında mübarizə aparmaq hüququ qazanıb. İlk mərhələdə Albaniyanın "Laçi" klubu ilə qarşılaşan "Keşlə" oyunsonrası penalti zərbələrindən sonra məğlub olaraq, ilk raundda mübarizəni dayandırıb.
2022-ci ildən Şamaxı Futbol Klubu adı ilə fəaliyyət göstərir.